Margarita Camarena inició su trayectoria de investigación bajo la guía de distinguidos profesores universitarios desde los diecisiete años. Después participo creativamente en proyectos relacionados con el estudio de las Clases y los movimientos sociales; hasta ganar el concurso por oposición abierta como investigadora ordinaria de carrera, en septiembre de 1980.
El primer proyecto de investigación del cual fue responsable, “Spicer, monografía de una empresa y un conflicto”, marcó una línea de investigaciones en torno del desarrollo de la industria automotriz mexicana. A partir de esa experiencia inició sus estudios sobre el transporte y su función social así como sobre las políticas públicas referentes al sector, y relacionados con otros aspectos que profundizaría en etapas posteriores como las grandes rutas del espacio social en México, sobre la movilidad, los intercambios regionales y la contaminación, que irían perfilando su interés central en todo tipo de circulaciones materiales y simbólicas. Ya en el marco del inicio del Tratado del Libre Comercio y de las rutas de transporte de carga en Norteamérica, estudió aspectos más amplios sobre los circuitos de circulación regional y urbana en México, así como del impacto espacial del movimiento de pasajeros y mercancías.
De manera paralela a sus proyectos centrales, en 1985 participó en el levantamiento de información para la encuesta aplicada con los damnificados por el sismo de 1985 y en el análisis de los efectos de ese mismo evento. De igual manera, participó en de manera coyuntural en el estudio relacionado con el ahorro energético y la modificación de la jornada laboral en la ciudad de México. A partir de 1992, dedicó algunos años a la participación en diversos proyectos de investigación en regiones del estado de Querétaro, como investigadora y directora de investigación en la Universidad Autónoma de Querétaro. Fue también responsable de proyectos sobre gestión local y desarrollo regional, que abarcaron la región occidente, en especial al estado de Jalisco; todo ello en coordinación con instituciones y dependencias oficiales. En todas esas participaciones y responsabilidades, su amplia experiencia en los estudios realizados como académica del Instituto de Investigaciones Sociales y de la UNAM, jugó un papel relevante. Podemos decir que las temáticas relacionadas con la organización social del espacio, el desarrollo regional, la gestión pública del transporte y la circulación, estuvieron incluidas en varios sentidos.
Entre 2007 y 2010 realizó proyectos con dependencias de la Coordinación de Humanidades de la UNAM y en el 2011 se reincorporó a l Instituto, con el proyecto Circulaciones urbanas y regionales en México. A partir de octubre de 2013, se abocó al proyecto Circulaciones materiales y simbólicas en ciudades de México y América, el cual representa la ampliación paralela a la profundización de sus investigaciones que abordan aspectos fundamentales del desarrollo en tiempos modernos, con el agudo sentido crítico de cientista social que ha caracterizado sus trabajos desde sus albores como investigadora.
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